本文仅仅是为了记载我利用SSR数据进行群体遗传学分析的过程中所接触和使用的软件，以及少量相关的大名鼎鼎的软件，如果你刚开始群体遗传（仅在使用SSR数据时）学的研究，我想这些软件多数都可能对你有用，不妨一观。
1. 数据获取
1.1 数据整理
- PeakScanner 可以处理SSR毛细管电泳的原始测量fsa格式数据
- Genemapper 功能同上，但可以处理部分低质量数据，同时可以批量导出峰形图，该软件收费
1.2 格式转换
- PGDSpider 专门的格式转换软件，可以在主要的系统发育格式之间转换，支持格式众多
- GenAlex 群体遗传学Excel插件，兼顾格式转换功能
- DataFormater 针对主流的群体遗传学软件所需的格式进行转化，基于python语言开发
2. 群体遗传学参数统计
- GenAlex 对常用的群体遗传学参数进行估计
- Popgene 常用的群体遗传学参数估计软件
- Arlequin 群体遗传结构分析软件，可实现AMOVA分析
- PowerMarker 可用于计算微卫星位点的多态性，比如PIC参数，其他功能请见软件和官网
- MicroChecker 基于哈温平衡计算微卫星位点中是否存在哑等位基因
3. 数据分析
3.1 地理遗传格局
- IBD 可在GenAlex中完成
3.2 相似性分析
- PCoA 可在GenAlex中完成
- NMDS 可在R语言Vega包中完成
3.3 种群历史动态
3.4 遗传聚类分析
- Structure 基于哈温平衡和等位基因频率进行个体的非先验祖先种群估计，使用较多，但使用前需要注意是否符合模式假设，和其配套的还有结果总结软件CLUMMP和可视化软件DISTRUCT，以及ΔK值的在线计算工具。
- BAPS 同上，但是对居群间样品规模大小差异不敏感
- Instruct Structure的扩展，不再依赖哈温平衡的假设
- Admixture 和Structure类似，假设哈温平衡，能够处理大量的SNPs数据，在基因组时代使用较多
- DAPC 基于PCA和判别分析的遗传聚类分析软件，不需要理论假设，速度很快
- Geneland、sNMF、Structurama、TESS等
3.5 基因流
- IMa 基于溯祖理论的历史基因流和分化时间估算的系列（IM，IMa，IMa2，IMa2p，IMa3）软件，使用广泛
- BayesASS 评估基因流的软件之一，暂时无法定向分析基因流
- TreeMix 利用二代测序的大量SNPs数据推断种群间历史基因流。